液質聯用儀系統是藥物發現和開發、代謝物鑒定、污染物檢測，以及包括翻譯后修飾的蛋白發現、蛋白鑒定和生物標志物驗證等蛋白質組學應用的理想選擇。具有以下幾個優勢： 高靈敏度：液質聯用儀能夠檢測到非常低濃度的化合物。由于質譜的高選擇性和靈敏度，可以對復雜樣品中微量化合物進行精確定量和鑒定。
高分辨率：通過使用LC-MS，可以實現在復雜混合物中快速分離并確定各種化學成分。這種高分辨率使得識別不同組分更加可靠。
寬線性范圍：液相色譜與質譜技術的結合使得液質聯用儀擁有廣泛的線性范圍。它可以同時處理低至ppb水平和高至百萬或更高濃度范圍內的樣品。
結構信息獲取：通過對樣品進行碎裂產生碎片離子，并根據其生成離子特征圖進行解析，從而提供關于化合物結構、功能基團等詳細信息。
快速分析：與傳統方法相比，液質聯用儀通常具有更短的運行時間。這意味著可以更快地獲得樣品分析結果，提高實驗室的效率。
多重檢測模式：液質聯用儀具有多種檢測模式，如正離子、負離子和多反應監測（MRM）等。這使得可以對不同類型的化合物進行靈活且準確的分析。
所以說液質聯用儀的優勢包括高靈敏度、高分辨率、寬線性范圍、結構信息獲取能力、快速分析以及多重檢測模式等，使其成為許多科學領域中廣泛應用的強大工具。
